La Fundación Lilly se presenta como una institución que da apoyo a programas y actividades de investigación, formación, divulgación, prevención, consultoría, asistencia técnica y desarrollo de proyectos, en el ámbito de la Sanidad.
Dentro de sus objetivos fundacionales, el Patronato y Consejo Científico Asesor han propuesto las siguientes líneas de actuación:
 Docencia, formación y difusión del conocimiento biomédico.
Actividad editorial, creación y desarrollo de la Biblioteca Lilly.
Apoyo a la investigación biomédica.
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